小店区内的大专院校包括：
山西交通职业技术学院：
位于小店区，是山西省内唯一一所高职层次的交通类院校。
山西大学：
位于小店区，是一所历史悠久的综合性大学。
山西财经大学：
同样位于小店区，是一所财经类高等学府。
山西省农科院：
也位于小店区，是山西省内重要的科研机构。
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